海洋裝備與運行管理中心成立于2014年，以海上作業能力建設與保障為核心職責，主要圍繞科考船舶、船載探測設備、載人潛水器、科研碼頭和船舶保障基地等資源，開展船舶建造和改造、科研項目管理、海上科考作業、船舶海上操縱、船舶運行維護、物資采購、機務海務管理、船舶和船員證書管理、船舶安全和預防系維保雙體系長效建設、岸基調度和應急保障、碼頭和船舶運維基地管理（籌劃中）等任務，為各項海上作業任務提供全方位支撐，同時承擔裝備及海試相關科研項目。中心現有人員121人，其中勞務派遣船員90人。
（1）科考船舶
“探索一號”是我國自主研制的4500 米載人潛水器“深海勇士”號和全海深載人潛水器“奮斗者”號的支持母船，其設計建造由中國科學院戰略性先導科技專項(B類)、科技部重點研發計劃“深海關鍵技術與裝備”重點專項等支持，分別于2016年5月、2017年8月和2019年6月完成三期改建。“探索一號”以實現中國海洋科技中長期規劃科學目標為使命，積極支撐各項深海科學考察、海上綜合科考作業的開展，為提升我國深海科學考察地位做出應有的貢獻。
“探索二號” 是中國全數配備國產化科考作業設備的載人潛水器支持保障母船，除支持深遠海常規科考作業，還可搭載4500米載人潛水器“深海勇士”號和萬米載人潛水器“奮斗者”號。由海南省和三亞市人民政府出資購置，在海南省重大專項和中國科學院戰略性先導專項（A類）的支持組織下，于2020年6月在福建馬尾船廠完成適應性增裝建造。“探索二號”加快推進了我國海斗深淵學科體系發展和深海智能裝備開發進程，還可作為我國深海裝備的試驗驗證平臺，為我國深海裝備技術的發展提供專業的深海試驗條件，形成立足于三亞的海洋技術和裝備研究與試驗基地的基礎條件。
“探索三號”是由中國自主研發設計并建造的中國首艘覆蓋全球深遠海（含極區）探測且具備冰區載人深潛支持能力的綜合科考船，由海南省人民政府、三亞崖州灣科技城開發建設有限公司、中國科學院深海科學與工程研究所共同出資建造，于2024年12月完成交付。2025年7月至10月，成功實施完成了我國首次北極密集冰區載人深潛科考，是國際載人深潛和北極深海探索的一個里程碑，標志著我國載人深潛實現了從“全海深”到“全海域”的跨越，對實施和保障我國深海和極地安全戰略具有重要意義。
（2）部門人員
部門主任：包更生
部門副主任：蓋文慶
機務主管：王陽康、王金橋
海務主管：刁久鵬
項目主管：吳乃天、王夢穎、張汶鈺、段若嵐
財務助理：苑文新、陳鋒
“探索一號”船長：劉祝、徐云武、張金泉
“探索一號”大副：楊曉峰
“探索一號”輪機長：郭祚林
“探索一號”實驗部主任：鐘金波、王鵬
“探索一號”電子電氣師：高廣欽
“探索二號”船長：李曉川、王通
“探索二號”輪機長：李湘湘、蔡尚明
“探索二號”實驗部主任：張濤
“探索二號”電子電氣師：丁國平
“探索三號”船長：孫燕輝
“探索三號”大副：王源凱
“探索三號”輪機長：胡江偉
“探索三號”船實驗部主任：商建楠
“探索三號”電子電氣師：逮鵬濤、蒙宇
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