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深海科學與工程研究所
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仿刺參在高壓培養(yǎng)條件下的基因表達差異

文章來源:供稿/陳家煒 供圖/梁林英  |  發(fā)布時間:2020-04-30  |  【打印】 【關(guān)閉

  近日,中科院深海所張海濱研究團隊在期刊BMC Genomics發(fā)表了題為Insights into high-pressure acclimation: comparative transcriptome analysis of sea cucumber Apostichopus japonicus at different hydrostatic pressure exposures的文章。研究團隊使用高壓培養(yǎng)裝置模擬深海高壓環(huán)境,通過比較轉(zhuǎn)錄組分析淺海仿刺參對不同壓力脅迫的分子響應。 

  研究表明,仿刺參可以在15°C, 25 MPa條件下100%存活至少24小時。在高壓培養(yǎng)后,實驗樣品在常壓條件下仍然可以正常生長。通過比較轉(zhuǎn)錄組學分析發(fā)現(xiàn),隨著壓力變化,一部分基因的表達也發(fā)生變化。根據(jù)基因在不同壓力條件下的表達模式,可以將其分為3類:線性相關(guān)差異基因、壓力敏感差異基因、高壓誘導差異基因(圖1)。雖然這些基因的表達模式不同,他們所涉及的生物學過程是類似的,包括:基因信息傳遞、泛素化、細胞內(nèi)吞、MAPK信號轉(zhuǎn)導、跨膜運輸?shù)取F渲校核鼗蛢?nèi)吞作用(圖2)可以共同作用于錯誤折疊蛋白的清除,這兩個生物學過程的上調(diào)暗示仿刺參在高壓培養(yǎng)過程中合成了異常蛋白,這或許是高壓導致仿刺參死亡的原因。本實驗所篩選出的差異表達基因,將有助于進一步研究動物對高壓環(huán)境的適應機制。深海所碩士生梁林英和陳家煒為論文共同第一作者。 

 

1 基因在不同壓力條件下的表達模式 

 

2 參與泛素化和內(nèi)吞作用的代謝通路示意圖  在高壓下顯著高表達的基因用紅色標出 

原文鏈接:https://bmcgenomics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12864-020-6480-9 

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