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深海科學(xué)與工程研究所
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長(zhǎng)江江豚全基因組序列研究

文章來(lái)源:撰稿/劉明明 圖片來(lái)源/劉明明  |  發(fā)布時(shí)間:2018-10-29  |  【打印】 【關(guān)閉

  長(zhǎng)江江豚不僅是全世界唯一一種生存于淡水環(huán)境的鼠海豚,也是長(zhǎng)江流域唯一現(xiàn)存的水生哺乳動(dòng)物(2007年白鱀豚功能性滅絕)。自上世紀(jì)九十年代以來(lái),長(zhǎng)江江豚的數(shù)量呈現(xiàn)出持續(xù)性的衰減趨勢(shì),2017年最新調(diào)查顯示其野外種群數(shù)量已跌至一千頭左右。考慮其嚴(yán)峻的受威脅程度,長(zhǎng)江江豚已被提升為國(guó)家一級(jí)保護(hù)動(dòng)物。深海所海洋哺乳動(dòng)物研究團(tuán)隊(duì)對(duì)長(zhǎng)江江豚進(jìn)行了全基因組測(cè)序,組裝了2.22 Gb的基因組草圖,其contig N50scaffold N50值分別為46.69 kb 1.71 Mb,并進(jìn)一步鑒定了887.63 Mb的重復(fù)序列和預(yù)測(cè)了18479個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示:同域分布的長(zhǎng)江江豚和白鱀豚大約于2084萬(wàn)年前分化。通過(guò)與其他10種哺乳動(dòng)物的基因組進(jìn)行比較,我們?cè)陂L(zhǎng)江江豚全基因組中檢測(cè)到44種特異性基因家族,164種擴(kuò)增基因家族和313種正選擇基因。本研究所使用的基礎(chǔ)序列和組裝序列均可在國(guó)家生物技術(shù)信息中心查詢(BioProject?PRJNA433603)。 

  Yuan, Y., Zhang, P. (張培君), Wang, K., Liu, M. (劉明中), Li, J., Zheng, J., Wang, D. Xu, W. Lin, M. (林明利), Dong, L. (董黎君), Zhu, C., Qiu, Q.* & Li, S.* (李松海) (2018). Genome sequence of the freshwater Yangtze finless porpoise. Genes, 9(4), 213. 

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